金关工程（二期）系统切换后，关于手册有效期的政策规定未发生变化。根据海关总署公告2016年第56号的要求，企业应按照合同有效期申报手册有效期，原则上不得超过一年。

金关工程（二期）系统切换后，并未对手册份数进行限制要求。加工贸易企业可根据生产计划和执行情况，向海关申请加工贸易手册。企业申请手册符合有关规定且提供的单证资料规范、齐全、有效的，海关将按规定办理。

在金关工程（二期）系统中，已经取消办理备案资料库环节，企业可直接办理电子化手册设立手续。

现有H2010系统手（账）册剩余料件需结转至金关工程（二期）系统手（账）册的，企业无需办理余料结转申请表，直接申报“保税核注清单”及报关单即可。

企业金关工程（二期）底账项下的加工贸易货物申请内销，无需申报内销征税联系单，直接申报内销核注清单，以核注清单为基础申报内销报关单。

金关工程（二期）系统底账项下的加工贸易货物申请外发加工的，企业应按规定格式向海关发送“外发加工备案表”和“外发加工收发货单”，可通过国际贸易单一窗口或电子口岸预录入系统（QP系统），以电子形式申报外发加工备案数据和实际收发货数据。

（一）对于金关工程（二期）系统底账间的深加工结转业务，应通过“金关工程（二期）保税流转系统”办理。企业按规定格式在保税货物流转系统申报“转入/转出申报表”和实际收发货情况，在申报表有效期内按照收发货实际情况汇总申报“保税核注清单”及报关单。“保税核注清单”格式、填报要求等详见海关总署2018年23号公告。

（二）对于金关工程（二期）系统与H2010系统底账间的深加工结转业务，取消深加工结转申请表审核和收发货登记环节（企业自行保存收发货记录等相关资料备查），双方在每批实际发货及收货后10日内（存在技术原因等特殊情况的最多可延长至20日内），使用金关工程（二期）系统的企业直接申报“保税核注清单”及报关单，使用H2010系统的企业申报深加工结转报关单，海关通过双方深加工结转报关单数据比对进行管理。