在进出口AEO系统企业申报过程中，可能会遇到以下一些常见问题：

1. 货物分类问题：选择正确的商品编码是申报过程中的重要一步。企业需要确保将货物正确分类，以确保申报AEO系统信息的准确性。

2. 关税和税率问题：企业需要了解目标国家或地区的关税和税率。不同国家的税率和规定可能有所不同，必须对目标市场的规定进行调研。

3. 货物价值问题：正确申报货物的价值也是关键。货物价值对关税AEO系统和进口税的计算有重要影响，必须遵循相关规定并提供准确的货物价值信息。

4. 证书和许可证问题：某些商品可能需要特定的证书或许可证才能进行进出口交易，如食品、药品、化学品等。确保在进出口过程中具备所需的证照和许可证。

5. AEO系统 目标国家或地区的法规问题：不同的国家或地区可能有特定的法规和要求。企业需要了解目标市场的标准、要求和限制，并遵守相关规定。

6. 文件和记录问题：进出口交易需要大量的文件和记录，如合同、发票、包装清单等。确保文件的准确性和完整性，AEO系统以避免申报过程中的问题。

这些问题只是进出口申报过程中可能遇到的一部分，具体情况还会根据不同国家、地区和商品的特点而有所不同。因此，与相关领域的专业人士合作，咨询相关政府部门或雇佣资深的报关行也是AEO系统明智之举。